В начале 90-х годов прошлого века, после падения «железного занавеса», в Испанию с просторов бывшего Советского Союза потекли волны иммиграции. Наши соотечественники из разных слоев постсоветского общества начали наводнять Иберийский полуостров в поисках лучшей жизни. Вера, религиозность — всегда были одними из самых сильных объединяющих социальных факторов. Храм Архангела Михаила в Альтее — живое тому подтверждение. Вдалеке от Родины он как голубка собирает под свои своды людей разной национальности, разного социального статуса, образования, но объединенных самым главным в жизни — верой во Христа-Спасителя. Уехав из родной земли, наши соотечественники острее, чем когда-либо почувствовали духовный голод. Это стремление к духовности и возбудило желание строительства первого храма Русской Православной Церкви в Испании.

Уникальность храма Архангела Михаила заключается в том, что за 2000 лет существования христианства, впервые в истории Испании, на её территории возведён русский православный храм, который стал самым западным форпостом Русской Церкви на Евразийском континенте, так как расположен на «нулевом меридиане».
Основателем и ктитором храма является семья Боцко из Ростова-на-Дону.

В 1996 году Михаил Боцко приобрел участок земли близ городка Альтеа и решил заложить православный храм. В том же году был заказан проект храма из камня.

В 1997 году община, образованная выходцами из России, с Украины, из Белоруссии и Молдавии, обратилась в Московский Патриархат с просьбой зарегистрировать приход, но положительного ответа, по неизвестным ей причинам, не последовало. Поэтому община была вынуждена обратиться в Экзархат Русских Православных церквей Западной Европы (Константинопольский патриархат), в котором и была зарегистрирована в конце 1999 года.

Вопрос о строительстве и местоположении храма длительное время согласовывался с местными властями и, во многом благодаря музыканту Мстиславу Ростроповичу, был окончательно урегулирован. Тем не менее, храм пришлось строить за городской чертой, что создало для верующих транспортную проблему.

7 января 2000 года священник Алексий Струве совершил первое богослужение в съёмном помещении.

В 2000 году по приглашению своих духовных чад в Испанию переехал протоиерей Владимир Коряк, который стал духовно окормлять приход и занялся строительством храма.

В 2001 году администрация города Альтеа зарегистрировала «Русский Православный Фонд Святого Архистратига Михаила», специально созданный для возведения будущего храма. За образец была взята Архангельская деревянная церковь XVII века — храм в форме креста, с пятью куполами и восьмигранной звонницей.

21 ноября 2002 года в престольный праздник епископ Клавдиопольский Михаил (Стороженко) заложил первый камень и воздвигнул крест на месте будущего храма.

Это воистину историческое событие проходило с участием большого количества верующих, представителей администрации г. Альтея, испанской общественности, православного и католического священства провинции Аликанте. Событие было широко освещено в испанской прессе и по телевидению. Разрешение на строительство Храма было получено при непосредственной помощи Мстислава Ростроповича и испанской королевы Софии.

В 2003 году был заказан бревенчатый сруб церкви. Приглашенные из города Кирова рабочие собрали деревянную конструкцию. В 2004 году в городе Волгодонске Ростовской области были изготовлены купола и кресты для храма.

18 июля 2004 года общим собранием прихода было принято единогласное решение об обращении к Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II и Священному Синоду Русской Православной Церкви с прошением о признании данного прихода относящимся к Московскому Патриархату.

24 декабря 2004 года приход Святого Архистратига Михаила решением Священного Синода был принят в состав Корсунской епархии Московского Патриархата.

30 апреля 2005 года состоялась первая Пасхальная служба в ещё недостроенном храме.

9 ноября 2007 года председатель католической Епископской конференции Испании архиепископ Рикардо Бласкес Перес принял настоятеля Христорождественского прихода Русской православной церкви в Мадриде священника Андрея Кордочкина и заверил представителя РПЦ в готовности помогать православным общинам и приходам в Испании.

11 ноября 2007 года Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Кирилл, будучи председателем Отдела внешних церковных связей митрополитом Смоленским и Калининградским Кирилл, совершил Великое освящение храма Архангела Михаила. Митрополиту Кириллу сослужили архиепископ Корсунский Иннокентий (Васильев) и клирики Корсунской епархии. За богослужением пел праздничный хор московского Данилова монастыря. В освящении храма участвовали православные верующие со всей Испании. На торжестве также присутствовали католический архиепископ города Аликанте монсеньор Рафаэль Пальмеро, мэр города Альтеа Андрес Риполь, глава «Российского императорского дома» Мария Владимировна Романова, посол РФ в Испании Александр Кузнецов, генеральный консул РФ в Барселоне Дмитрий Каземиров и другие почетные гости. Ктитор храма Михаил Валерьевич Боцко был удостоен ордена преподобного Сергия Радонежского III степени. К тому моменту приход насчитывал около 80 человек.